端拱元年(988年)召试，擢右拾遗并直史馆。他旋即进谏，以《端拱箴》来批评皇宫的奢侈生活。后拜左司谏、知制诰。

淳化二年(991年)，庐州尼姑道安诬告著名文字学家徐铉。当时禹偁任大理评事，执法为徐铉雪诬，又抗疏论道安诬告之罪，触怒太宗，被贬为商州(今陕西商县)团练副使。

淳化四年(993年)移官解州(今属山西)。同年秋召回京城，不久又外放，随即召回。任礼部员外郎，再知制诰。太宗至道元年(995年)，任翰林学士，后以谤讪朝廷的罪名，以工部郎中贬知滁州(今安徽滁州)，次年改知扬州。

宋真宗即位(997年)，再召入都，复知制诰，上书提出“谨边防”，“减冗兵，并冗吏”等事。与撰修《太祖实录》，因直书史事，引起宰相的不满，又遭谗谤，于咸平二年(999年)再次被贬出京城，至黄州(今湖北黄冈)。

咸平四年(1001年)冬改知蕲州(今湖北蕲春)，未逾月而卒，年四十八。

《宋史》与《东都事略》都有其传。 苏文编绘的《吴中先贤谱》亦有记载。

苏轼所撰《王元之画像赞并序》，称他以“以雄风直道独立当世”，“耿然如秋霜夏日，不可狎玩”。

欧阳修十分仰慕王禹偁，在滁州时瞻仰其画像，又作《书王元之画像侧》。

王禹偁自编《小畜集》30卷，集名出自《易经》：“小畜之象曰‘风行天上，小畜’。君子以懿文德”。今有《四部丛刊》本，另有其曾孙王汾裒辑《小畜外集》13卷，以及清光绪年间的孙星华刻本。近人徐规所著的《王禹偁事迹著作编年》，收集佚诗佚文多篇。

王禹偁为官清廉，关心民间疾苦；秉性刚直，遇事直言敢谏，不畏权势，以直躬行道为己任。一生中三次受到贬官的打击，乃作《三黜赋》，申明“屈于身兮不屈其道，任百谪而何亏；吾当守正直兮佩仁义，期终身以行之”，表现了百折不挠的坚强意志。

王禹偁在政治上主张改革，曾向朝廷提出许多建议，在《端拱箴》、《三谏书序》、《御戎十策》以及知扬州时作的《应诏言事疏》等著作中，他提出了重农耕、节财用、任贤能、抑豪强、谨边防、减冗兵冗吏、淘汰僧尼等有利于国计民生的主张，虽大多数未被太宗、真宗采纳，却为宋仁宗时范仲淹等人的“庆历变法”开了先声。

王禹偁在政治上这种进取精神和积极态度，正是他在文学上所以能坚持优良传统的重要原因。他诗法白居易，后来更有意发扬了杜甫、白居易的现实主义传统。“本与乐天为后进，敢期子美是前身”，代表了他对杜、白的尊崇。因此，我们可以说，他不仅是一位卓有实绩的北宋诗文革新运动的前驱者，而且还是体察民情、关心人民疾苦，胸怀报国大志的封建文人。